「跨境自駕遊」最明顯的問題，莫過於香港與內地駕駛者習慣之不同。香港駕駛者習慣是靠左行車，車輛全屬右軚；內地駕駛者習慣是靠右行車，車輛全屬左軚。內地駕駛者來港駕駛，必須適應左右對換的駕駛習慣，稍一不慎，隨時橫生意外。除了左右互換的問題外，轉向的規則也是一大問題。所有去過內地的朋友相信都有這樣的經驗：當你正按「綠公仔」指示橫過馬路時，卻不知從甚麼方向轉來大批車輛，人車爭路，你只得慌忙走避、狼狽不堪。在內地車輛轉彎進入亮了「綠公仔」的道路，是法例所容許的；但香港則不然，行人橫過馬路、車輛停車等待的規則極之分明。內地駕駛不熟香港交通燈號的規則，貿然轉入亮了「綠公仔」的道路內，以後怎樣再叫香港人安心過馬路？

香港的駕駛人士每年增多，然而馬路空間有限，已漸漸呈現飽和的狀況，即使政府持續擴建道路，供應遠遠追不上需求的增長；在這種大環境之下，允許內地私家車輛在香港行駛只會加重道路容量的負擔。香港政府於去年提升「汽車首次登記稅」，可是進口私家車的數量並未因此而下跌。更為荒謬的是，該政策的原意是減低市民購買新車的意慾，藉以限制車輛流量和廢氣對環境的污染，但另一邊廂又允許內地私家車在港行駛，兩者不是有明顯的矛盾嗎？還是這種矛盾的潛台詞是：為了刺激經濟，香港市民必須讓路給內地的消費者？這種「厚此薄彼」的思維，也許就是引起市民不滿最根本的原因。

還有就是制度上的問題。香港政府指出在審批來港駕駛者時會嚴格評核他們在內地駕駛的紀錄；可是如上所述，內地與香港駕駛規則與標準各異，怎樣評核才是適合、公允？有沒有向公眾諮詢？政府在沒有徵求民間意見後就草率推行政策，實在叫香港人難以放心。退一步說，我們假設所有內地來港的駕駛者都有良好的駕駛技術與態度，但駕駛難免會出意外，萬一發生交通事故時，當局是否能夠公正地處理事件？假如肇事駕駛者潛逃內地，當局是否設有機制追究徹查？如何處理死傷者賠償與刑事責任？這許許多多的問題一天沒有答覆，香港市民就多一天憂慮與不安。